Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Hilfe kommt von Ratte Splinter und der jungen April O'Neil. Mikey und Genghis Frosch warden in den Sturm geschickt, um im lokalen Geschäft für Verpflegung zu sorgen, wo sie auf Zitterall Lee treffen. Jetzt ist es an Mikey, ein guter Anführer zu sein.