Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Unterstützung kommt von Ratte Splinter und der jungen April O'Neil. Die Turtles und Mutanimals werden von einem Jahrhundertsturm überrascht. Doch als eine neue Gruppe Meeresmutanten die Stadt bedroht, ist Ralph gezwungen, mit Reden den Tag zu retten.