Kong lebt auf Skull Island, wo er von Dr. Ilene Andrews (Rebecca Hall) und ihrer Adoptivtochter Jia (Kaylee Hottle), die über Gebärdensprache mit ihm kommuniziert, betreut wird. Plötzlich greift Godzilla ohne ersichtlichen Grund menschliche Einrichtungen an. Der Geologe Dr. Nathan Lind (Alexander Skarsgård) schliesst sich mit Andrews zusammen, um Kong in die "Hollow Earth" zu führen, wo eine geheimnisvolle Energiequelle liegt. Während des Transports auf dem Meer kommt es zum ersten Aufeinandertreffen von Godzilla und Kong, aus welchem keiner der beiden Titanen als Sieger hervorgeht. Unterdessen untersucht Madison Russell (Millie Bobby Brown) mit ihrem Freund Josh (Julian Dennison) und dem Podcaster Bernie Hayes (Brian Tyree Henry) die Machenschaften von der Firma Apex Cybernetics, geleitet von Walter Simmons (Demián Bichir). Sie entdecken, dass Apex ein Mechagodzilla entwickelt hat – das mechanische Gegenstück zu Godzilla, gesteuert von Ren Serizawa (Shun Oguri). Inzwischen aber hat Godzilla Kong in Hollow Earth aufgespürt und es kommt in Hongkong zum erneuten Kampf. Gerade als sich Godzilla durchzusetzen scheint, tauch mit einem Mal der Mechagodzilla von Apex Cybernetics auf. Das Monster scheint ausser Kontrolle geraten zu sein und das Schicksal der Erde hängt nun an einem seidenen Faden, denn nur gemeinsam können Kong und Godzilla dem Mechagodzilla Paroli bieten.

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